[בעקבות חוות דעתו של המשנה ליועץ המשפטי לממשלה מיום 5.11.2018]
תיקון 126 בחוק התכנון והבנייה תיקן את ההגדרה של המונח "תכנית" והוסיף בסיפא ההגדרה "ולמעט תכנית כוללנית". בסעיף 4 (5א) באותו התיקון נקבע: "במקרקעין שבהם אושרה תכנית לאחר אישורה של תכנית כוללנית, תיווסף לשומת ההשבחה, השבחה בשל התכנית הכוללנית, אם הייתה"
בהתאם לתוספת השלישית בחוק התכנון והבנייה היטל השבחה חל לעת אישור תכנית, הקלה או שימוש חורג. החרגת תכנית מתאר כוללנית מהמונח תכנית קובעת למעשה כי אישור תכנית מתאר כוללנית אינו מהווה אירוע מס לעניין היטל השבחה.
יצוא מהאמור, שללא ההתניה בסעיף 4 (5א) המתוקן יכול היה להיווצר מצב בו לכשתאושר תכנית מפורטת לאחר אישור התכנית הכוללנית ועל בסיסה של תכנית זו, יחושב ההפרש בין שווי הקרקע על בסיס הזכויות בתכנית המתאר הכוללנית לשווי הקרקע על בסיס הזכויות בתכנית המפורטת הנשענת על התכנית הכוללנית, ולמעשה היה מצטמצם היטל השבחה מבלי שייגבה היטל השבחה על הזכויות שנוספו בתכנית המתאר הכוללנית שכן אינה מוגדרת כתכנית וככזו אינה יוצרת לכאורה חבות בהיטל השבחה. לפיכך נקבע כי אם אושרה תכנית לאחר אישור התכנית הכוללנית, " תיווסף לשומת ההשבחה, השבחה בשל התכנית הכוללנית, אם הייתה".
אולם דרך חישוב ההיטל לא נקבע בחקיקה. דרך אחת היא הנהוגה היום ביחס לשרשרת תכניות שאושרו בזו אחר זו מכונה "שיטת המדרגות" (על-פי הלכת "פמיני" רע"א 4217/04 ציון פמיני נ' הוועדה המקומית לתכנון ובנייה ירושלים), שמה נובע מכך שכל תכנית מהווה מדרגה נפרדת בפני עצמה, קרי היטל ההשבחה נקבע בנפרד בגין כל תכנית ותכנית וההצמדה חלה ממועד אישורה של כל תכנית. דרך חישוב אחרת שהייתה נהוגה לפנים אולם אינה נהוגה היום נקראת "גישת המקפצה" ולפיה היטל ההשבחה מחושב על-פי הפרש הזכויות שבין התכנית הראשונה בשרשרת התכניות לזו האחרונה, תוך דלוג (ומכאן שיטת "המקפצה") והתעלמות מתכניות האמצע. באופן זה, כל הזכויות בגין כל התכניות המשביחות, מחושבות למועד אישור התכנית האחרונה בשרשרת התכניות.
הפער המרכזי בין שתי הגישות נובע משינוי מחירי המקרקעין בין התקופות. אם שווי המקרקעין עלה בין המועדים של אישור שתי תכניות שבאמצע השרשרת, אזי למעשה מיסוי הזכויות לעת אישור התכנית האחרונה, תצור מצב בו היטל ההשבחה יקבע לפי ערך הקרקע במועד אישור התכנית המאוחרת ויגלם עליית ערך קרקע שבין תכנית האמצע לתכנית האחרונה. לעומתה גישת המדרגות מנטרלת את עליית הערך בין התקופות וממסה רק על הפרש השווי בגין הזכויות התכנוניות בכל תכנית, לפי ערכי הקרקע במועד אישורה.
פרשנותו של המשנה ליועץ המשפטי לממשלה תומכת בחישוב היטל השבחה על-פי עקרונות גישת המקפצה. קרי גישה המתעלמת לעניין היטל ההשבחה מתכנית המתאר הכוללנית לעת אישורה, ודוחה את חישוב היטל ההשבחה לעת אישורה של התכנית המפורטת המתבססת עליה, כאשר ההשבחה מחושבת לזכויות המצטברות של שתי התכניות (הכוללנית והמפורטת) במקשה אחת לעת אישור התכנית האחרונה (המפורטת).
בחוות דעתו מתמודד המשנה ליועץ המשפטי לממשלה עם הלכת פמיני ומציין כי להערכתו אין סתירה שכן הלכת פמיני עוסקת בתכניות המהוות אירוע מס, שאושרו בזו אחר זו ולעומת תכניות אלו קבע המחוקק ביחס לאישורה של תכנית מתאר כוללנית שאינה מהווה אירוע מס.
אם מתקיימת עסקת מכר במקרקעין לאחר אישור תכנית המתאר הכוללנית אולם טרם אישורה של תכנית מפורטת, שיטת מיסוי זו מגלגלת למעשה את המס (היטל ההשבחה) מכוח הזכויות שאושרו בתכנית המתאר הכוללנית מהמוכר לקונה, אשר רוכש את פוטנציאל הבנייה מכוח תכנית המתאר הכוללנית אולם יידרש לשלם עליה היטל השבחה לעת אישור התכנית המפורטת ומימוש הזכויות על פיה. ראוי לו לרוכש כי יבחן וישקלל את גובה התשלום העתידי הנושאת בחובה תכנית המתאר הכוללנית, אם כבר אושרה, כבר לעת רכישת הזכויות, שכן המס על תכנית זו נדחה ואינו מתאיין.